Wydanie każdej decyzji administracyjnej, w tym decyzji podatkowej, musi zostać poprzedzone ustaleniem stanu faktycznego. Określone obowiązki ciążące na podatnikach lub przysługujące im uprawnienia powstają bowiem wraz z zaistnieniem zdarzeń faktycznych lub prawnych wskazanych w ustawach podatkowych. Owe zdarzenia prawotwórcze składają się na podatkowoprawny stan faktyczny. Istotne jest w związku z tym udzielenie odpowiedzi na pytanie, na kim spoczywa ciężar ich udowodnienia: czy na podatnikach czy na organach podatkowych. Odpowiedź sformułował sam ustawodawca, ustanawiając wśród zasad ogólnych postępowania podatkowego zasadę prawdy materialnej. Wyraża ją art. 122 ordynacji podatkowej, zgodnie z którym w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Dopełnieniem tej zasady jest uregulowanie zawarte w art. 187 § 1 ordynacji podatkowej, nakładające na organ podatkowy obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego. Wreszcie, na podstawie art. 191 ordynacji podatkowej, organ podatkowy musi ocenić, czy materiał dowodowy który zebrał pozwala na przyjęcie, że dana okoliczność składająca się na podatkowoprawny stan faktyczny została udowodniona.

Niezwykle istotna jest również w tym kontekście okoliczność, że zobowiązanie do zapłaty głównych z punktu widzenia budżetu państwa podatków obowiązujących w naszym kraju, takich jak podatek od towarów i usług (VAT), podatek akcyzowy, czy podatki dochodowe (CIT i PIT), jest konkretyzowane co do kwoty w deklaracji podatkowej składanej przez podatnika. Przykładowo, podatnicy podatku dochodowego od osób fizycznych są obowiązani złożyć urzędowi skarbowemu do 30 kwietnia 2012 r. zeznanie o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) w roku podatkowym 2011. To z tego zeznania będzie wynikało jaka kwota podatku dochodowego od osób fizycznych obciąża podatnika tego podatku. To zatem sam podatnik określi w zeznaniu jaki jest rzeczywisty ciężar finansowy obowiązku podatkowego, któremu podlega. Oznacza to, że ustawodawca powierzył wymiar podatku samym podatnikom ufając, że będą oni dokonywali go w dobrej wierze, zgodnie
z obowiązującym prawem, na organy podatkowe nałożył natomiast obowiązek weryfikowania prawidłowości działań podatników. W związku z tym dobrą wiarę podatnika chroni wynikające z art. 21 ordynacji podatkowej domniemanie (wzruszalne) prawdziwości zeznania podatkowego sporządzonego przez podatnika. Oznacza to, że kwota podatku podana przez podatnika w jego zeznaniu jest tak długo prawnie należną od niego kwotą podatku, jak długo nie zostanie podważona przez organ podatkowy i to w drodze decyzji administracyjnej.

Łącząc przedstawione wyżej aspekty związane ze sposobem dokonywania wymiaru zobowiązań podatkowych i działania aparatu skarbowego, a więc z jednej strony obowiązek udowodnienia przez organ podatkowy poszczególnych zdarzeń składających się na podatkowoprawny stan faktyczny, z drugiej strony uprawnienie i obowiązek organów podatkowych badania tego, czy podatnicy prawidłowo podali w odpowiednich zeznaniach (deklaracjach) kwoty obciążających ich podatków, wydawałoby się, że całokształt uregulowań prawnych potwierdza, iż to na organie podatkowym spoczywa ciężar dowodu w postępowaniu podatkowym. W rzeczywistości jednak organy podatkowe dążą do przerzucenia tego ciężaru na podatnika kierując się – paradoksalnie – zasadą wynikającą z art. 6 kodeksu cywilnego (a więc przepisu prawa prywatnego a nie publicznego), zgodnie z którą ciężar udowodnienia faktu spoczywa na tym, kto z faktu tego wywodzi skutki prawne. Dochodzi do tego w tych obszarach związanych z opodatkowaniem, w których podatnikowi zależy na zmniejszeniu ciężaru podatkowego i w związku z tym korzysta z określonych uprawnień. Przykładowo, organy podatkowe przyjmują, że to na podatniku spoczywa ciężar wykazania, że zachodzą powody uzasadniające odroczenie terminu płatności podatku, rozłożenie zapłaty podatku na raty lub umorzenia zaległości podatkowej. Organy domagają się również, aby to podatnicy przedstawiali dowody dla wykazania, iż usługi, które zakupili od swoich kontrahentów i których koszt zaliczyli do kosztów uzyskania przychodów w podatku dochodowym, powodując tym samym obniżenie podstawy opodatkowania a w konsekwencji wysokości należnego podatku, zostały w rzeczywistości wykonane.

Wbrew więc wydawałoby się jasnym przepisom art. 21, art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 ordynacji podatkowej, organy podatkowe w wymienionych wyżej przykładowo obszarach nie poczuwają się do poniesienia ciężaru ustalenia jak w rzeczywistości wyglądał stan faktyczny, a ograniczają się tylko do negowania twierdzeń podatnika (np. zaprzeczają oświadczeniom podatnika, że usługi które zakupił zostały wykonane i ograniczają się do recenzowania przedstawianych przez niego dowodów). Co istotne, takie podejście aparatu skarbowego jest w zasadzie aprobowane w orzecznictwie sądów administracyjnych sprawujących kontrolę działalności administracji publicznej. W związku z tym trudno jest oprzeć się wrażeniu, iż rzeczywistość rozmija się z regulacją prawną. Prowadzi to również do wniosku, że prawo ma taki sens i znaczenie, jakie w toku jego stosowania nadają mu organy administracji i sądy.