Traktat o funkcjonowaniu Unii Europejskiej zawiera postanowienia o możliwości ograniczenia swobody przepływu towarów. Art. 36 TFUE pozwalający na ograniczenia swobody przepływu towarów stanowi lex specialis art. 34 i 35 TFUE. Pozwala on Państwom Członkowskim na „wprowadzenie zakazów lub ograniczeń przywozowych, wywozowych lub tranzytowych, uzasadnionych względami moralności publicznej, porządku publicznego, bezpieczeństwa publicznego, ochrony zdrowia i życia ludzi i zwierząt lub ochrony roślin, ochrony narodowych dóbr kultury o wartości artystycznej, historycznej lub archeologicznej, bądź ochrony własności przemysłowej i handlowej. Zakazy te i ograniczenia nie powinny jednak stanowić środka arbitralnej dyskryminacji ani ukrytych ograniczeń w handlu między Państwami Członkowskimi”.

Państwa mogą powołać się na wyjątki zwarte w art. 36 TFUE w określonych warunkach. Do warunków tych należy: brak regulacji Unii Europejskiej w danej dziedzinie prawa, regulacja krajowa nie może stanowić środka arbitralnej dyskryminacji bądź ukrytego ograniczenia w handlu, regulacja krajowa powinna być proporcjonalna to znaczy odpowiednia do ochrony dóbr wymienionych w art. 36 TFUE. Ponadto w razie postępowania sądowego to Państwa Członkowskie są odpowiedzialne za dostarczenie dowodu, który usprawiedliwi powołanie się na art. 36 TFUE.

Moralność publiczna może być określana odmiennie przez każde Państwo Członkowskie. Nie istnieje wspólnotowa definicja moralności publicznej. Powołanie się na przesłankę moralności publicznej miało miejsce między innymi w sprawie C-34-79 Regina przeciwko Maurice Donald Henn i John Frederick Ernest Darby. Sprawa dotyczyła dwóch kierowców ciężarówek- panów Henn i Darby. Kiedy zostali zatrzymani przez służby celne na granicy brytyjskiej, okazało się, że przewożą spore ilości materiałów pornograficznych. W Wielkiej Brytanii istniała regulacja, która zakazywała sprowadzania do kraju pornografii o charakterze obscenicznym. Kierowcy postawieni przed sądem bronili się, że regulacja narusza art. 34 TFUE- stanowi ograniczenie ilościowe w handlu towarami. TSUE mimo, że przyznał im rację, stwierdził, że władze Wielkiej Brytanii mogą powołać się na art. 36- względy moralności publicznej. TSUE tylko raz uznał argumenty państwa, które powoływało się na przesłankę porządku publicznego.

Sprawa C-7/78 Królowa przeciwko Thompson dotyczyła zakazu wywozu wycofanych z obiegu srebrnych monet. Ze względu na wartość historyczną tych monet TSUE uznał, że tylko państwo ma prawo je przetapiać. Przetapianie monet przez inne podmioty naruszałoby uprawnienia państwa wynikające z monopolu menniczego. TSUE wyznaje pogląd, że muszą istnieć naprawdę wyjątkowe okoliczności (np. nadmierny wywóz dóbr ważnych dla życia) by państwo mogło powołać się na przesłankę porządku publicznego. Zwykle bowiem państwo jest w stanie samo stać na straży porządku publicznego.

Najbardziej znanym orzeczeniem w sprawie ochrony bezpieczeństwa publicznego jest orzeczenie w sprawie C-72-83 Campus Oil. Ustawa irlandzka nakazywała dystrybutorom benzyny zaopatrywać się w paliwo w irlandzkiej rafinerii po cenach określonych przez ministra przemysłu. TSUE uznał, że chociaż ustawa narusza art. 34 TFUE, to może być usprawiedliwiona art. 36 czyli względami bezpieczeństwa państwa. Ustawa bowiem miała na celu zapewnienie funkcjonowania jedynej irlandzkiej rafinerii ropy w czasie kryzysu. TSUE stoi na stanowisku, że to do Państw Członkowskich należy podjęcie decyzji o poziomie ochrony zdrowia i życia osób.

W sprawie C-366/04 Georg Schwarz TSUE uznał, że przepisy krajowe które zabraniają sprzedaży wyrobów cukierniczych bez opakowania z automatów ulicznych są usprawiedliwione na podstawie art. 36, ponieważ są środkiem odpowiednim i proporcjonalnym do osiągnięcia zamierzonego celu.

Jeśli chodzi o ochronę życia zwierząt ciekawe jest orzeczenie w sprawie C-67-97 Postępowanie karne przeciwko Ditlev Bluhme. TSUE uznał, że ustawa, która zakazuje importu na duńską wyspę Laeso wszystkich gatunków pszczół oprócz pszczół Laeso jest środkiem proporcjonalnym do realizowanego celu, czyli do ochrony rodzimej populacji zwierzęcej. Jeszcze żadnemu Państwu Członkowskiemu nie udało się powołać przed TSUE na ochronę krajowych dóbr kultury.

Najbardziej znaną sprawą tego rodzaju była sprawa C-7-68 Komisja przeciwko Włochom. Republika włoska wprowadziła obowiązek opłaty statystycznej, za wywóz towarów do innych Państw Członkowskich. Dochody z opłat miały być przeznaczane na tworzenie statystyk handlowych przez Główny Urząd Statystyczny. Komisja Europejska uważała, że opłata taka jest niezgodne z traktatowym zakazem wprowadzania ceł i opłat o skutku podobnym do cła. Władze Włoch broniły się, że opłata ta miała na celu ochronę narodowych dóbr kultury o wartości artystycznej, historycznej i archeologicznej, czyli była usprawiedliwiona przez art. 36. Komisja odrzuciła tłumaczenie Włoch, przypominając że wyjątki zawarte a art. 36 odnoszą się do ograniczeń ilościowych i środkach o skutku równoważnym do ograniczeń ilościowych, a nie do opłat.

TSUE potwierdził, że art. 36 nie usprawiedliwia opłat celnych oraz opłat o skutku równoważnym do cła, jeśli nie są one poparte przez możliwość stosowania ograniczeń ilościowych. Jeśli chodzi o ochronę własności przemysłowej i handlowej obecnie w doktrynie prawa własności przemysłowej nie używa się pojęcia „własności handlowej”, ale samego pojęcia „własności przemysłowej”. Pojęcie to było definiowane w wydawanych przez TSUE orzeczeniach.

Trybunał objął zakresem pojęcia „własność przemysłowa” następujące prawa: patenty, prawa z rejestracji wzorów użytkowych, prawa z rejestracji wzorów przemysłowych, prawa z rejestracji znaków towarowych i znaków powszechnie znanych, prawa do nazw handlowych oraz prawa do nazw pochodzenia i oznaczeń geograficznych. W wyroku z dnia 20 stycznia 1981 roku w sprawach połączonych 55/80 oraz 57/80 Musik-Vertrieb membran GmbH i K-tel International przeciwko GEMA - Gesellschaft für musikalische Aufführungs- und mechanische Vervielfältigungsrechte TSUE stwierdził, że do praw własności przemysłowej należą także prawa autorskie i pokrewne.

Swobodny przepływ towarów, tom XIV, red. J. Barcz, Instytut Wydawniczy EuroPrawo, Warszawa 2010

Swobody wspólnotowe w Traktacie ustanawiającym Wspólnotę Europejską. Swoboda przepływu towarów, usług i przedsiębiorczości. Komentarz., red. E. Grabitz, M.Hilf, Wyd. C.H. Beck, Warszawa 2009

W. Czapliński, M. Szwarc, Swoboda przepływu towarów w Prawo Unii Europejskiej. Zagadnienia systemowe. Prawo materialne i polityki, red. J. Barcz, Wydawnictwo Prawo i Praktyka Gospodarcza, Warszawa 2006, tom II

Traktat o Unii Europejskiej. Traktat ustanawiający Wspólnotę Europejską. Komentarz, red. Z. Brodecki, Warszawa 2005

Wersje skonsolidowane Traktatu o Unii Europejskiej i Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej, Dziennik Urzędowy C 115 z 9 maja 2008 r.